Pro vybrané úkoly jsou ustaveny odborné komise a neformální pracovní skupiny. Většinu z těchto poradních uskupení jmenuje děkan, některé komise také zřizuje akademický senát, vědecká rada, nebo vznikají ve spolupráci těchto orgánů.

1. Pedagogická komise

doc. MUDr. Martin Vokurka, DrSc. - předseda
prof. MUDr. Jana Dušková, DrSc.
prof. MUDr. Jaroslava Dušková, CSc.
prof. MUDr. Tomáš Hanuš, DrSc.
doc. MUDr. Jaromír Mašata, CSc.
doc. PhDr. Michal Miovský, Ph.D.
prof. MUDr. David Pokorný, CSc.
MUDr. Pavel Šnajdr, Ph.D.
prof. MUDr. Karel Smetana, DrSc.
prof. MUDr. Jaroslav Lindner, CSc.
MUDr. Jan Kunstýř, Ph.D.
studenti:
MUDr. Lukáš Bajer
František Vaňásek

2. Komise pro zubní lékařství

prof. MUDr. Jana Dušková, DrSc., MBA - předsedkyně
doc. MUDr. René Foltán, Ph.D.
doc. MUDr. Hana Hubálková, Ph.D.
as. MUDr. Ladislav Korábek, CSc.
doc. MUDr. Ivan Matouš Malbohan, CSc.
as. MUDr. Daniel Ott
as. MUDr. Edgar Oganessian, Ph.D.  

3. Komise pro hodnoceni výuky

akademičtí pracovníci:
doc. MUDr. Eva Havrdová, CSc.
prof. MUDr. Otomar Kittnar, CSc.
MUDr. Pavel Šnajdr, Ph.D.
MUDr. Tomislav Švestka, CSc.
MUDr. Martin Vejražka, Ph.D.
studenti:
Jan Bartoška
Hana Dittrichová  
David Novotná
Marek Procházka
Martin Pehr

4. Disciplinární komise

Akademičtí pracovníci:
prof. MUDr. Otomar Kittnar, CSc. - předseda
prof. MUDr. Ondřej Slanař, Ph.D.
prof. MUDr. Pavel Dundr, Ph.D.
náhradníci:
prof. MUDr. Jan Malík, CSc.
prof. PhDr. Michal Miovský, Ph.D.
studenti:
Daniel Baroň 
Hana Slezáková 
David Novotný
náhradníci:
Lukáš Moudrý 
Nicole Friedová

5. Ediční komise

MUDr. Kateřina Jandová, Ph.D. - předsedkyně
prof. MUDr. Jaromír Astl, CSc.
MUDr. Lenka Fialová, CSc.
doc. MUDr. Hana Hubálková, Ph.D.
prof. MUDr. Sixtus Hynie, DrSc.
PhDr. Alena Malečková
prof. MUDr. František Perlík, DrSc.
prof. MUDr. Ctibor Povýšil, DrSc.
PhDr. Hana Skálová
prof. MUDr. Karel Smetana, DrSc.
doc. MUDr. Jan Šváb, CSc.

6. Komise pro práci s pokusnými zvířaty

7. Likvidační komise

Ing. Josef Jirkovský - předseda
prof. MUDr. Otomar Kittnar, CSc., MBA
RNDr. Čestmír Štuka, MBA
Ing. Petr Bečvář

8. Náhradová komise

doc. MUDr. Hana Brichová, CSc. - předsedkyně
Taťána Grégrová
Dana Kadeřábková
doc. MUDr. Dana Marešová, CSc.

9. Inventarizační komise

PhDr. Hana Skálová - předsedkyně
Ing. Eva Soubustová, MBA
prof. MUDr. Stanislav Štípek, DrSc.
 
10. Patentová komise

Ing. Karel Hána, Ph.D. - předseda
prof. MUDr. Karel Smetana, DrSc.
prof. RNDr. Libuše Kolářová, CSc.
Ing. Irena Oravská

11. Komise pro program rozvoje vědních oborů na Univerzitě Karlově (PRVOUK)

Doc. Mgr. Karel Černý, Ph.D. - předseda  
prof. MUDr. Jana Dušková, DrSc.
Ing. Ivan Mikula, Ph.D.
doc. MUDr. Viktor Kožich, CSc.
prof. PhDr. Michal Miovský, Ph.D.
prof. MUDr. Aleš Linhart, DrSc.
doc. MUDr. Dana Marešová, CSc.
Kristýna Matějková, DiS.
Ing. Jaromír Michl
prof. MUDr. Evžen Růžička, DrSc.
prof. MUDr. Aleksi Šedo, DrSc.
prof. MUDr. Jan Škrha, DrSc.
prof. MUDr. Aleš Žák, DrSc.

12. Komise pro e-learning

MUDr. Martin Vejražka, Ph.D. - předseda
RNDr. Čestmír Štuka, MBA
prof. MUDr. Stanislav Štípek, DrSc.

13. Etická rada

prof. MUDr. Otomar Kittnar, CSc.
prof. MUDr. Jiří Raboch, DrSc.
prof. MUDr. Stanislav Štípek, DrSc.
prof. MUDr. Jana Dušková, DrSc. 
prof. MUDr. Jan Betka, DrSc

14. Komise pro hodnocení projektu OP PPR - PoC 1. LF