Pro vybrané úkoly jsou ustaveny odborné komise a neformální pracovní skupiny. Většinu z těchto poradních uskupení jmenuje děkan, některé komise také zřizuje akademický senát, vědecká rada, nebo vznikají ve spolupráci těchto orgánů.

1. Pedagogická komise
akademičtí pracovníci:
doc. MUDr. Andrea Burgetová, Ph.D. – předsedkyně
prof. MUDr. René Foltán, Ph.D.
doc. MUDr. Ondřej Naňka, Ph.D.
doc. MUDr.Tomáš Grus, Ph.D.
doc. MUDr. Tomáš Kučera, Ph.D.
doc. MUDr. Lukáš Zlatohlávek, Ph.D.
doc. MUDr. David Michalský, Ph.D.
doc. MUDr. Štěpán Havránek, Ph.D.
MUDr. Jiří Beneš, Ph.D.
MUDr. Otakar Raška, Ph.D.
MUDr. Antonín Šípek, Ph.D.
MUDr. Martin Vejražka, Ph.D.
MUDr. Mikuláš Mlček, Ph.D.
MUDr. Eitan Brizman, BDS
prof. PhDr. Michal Miovský, Ph.D.
prof. MUDr. Jaromír Mašata, CSc.

studenti:
Jakub Černý VL
Michal Mjartan ZL

2. Komise pro zubní lékařství
prof. MUDr. Jana Dušková, DrSc., MBA – předsedkyně
doc. MUDr. René Foltán, Ph.D.
doc. MUDr. Hana Hubálková, Ph.D.
as. MUDr. Ladislav Korábek, CSc.
doc. MUDr. Ivan Matouš Malbohan, CSc.
as. MUDr. Daniel Ott
as. MUDr. Edgar Oganessian, Ph.D.  

3. Komise pro hodnoceni výuky
MUDr. Martin Vejražka, Ph.D. – předseda
doc. MUDr. David Zemánek, Ph.D
MUDr. Martin Vejražka, Ph.D.
MUDr. Simona Arientová, Ph.D. MBA
Martin Miller
Michal Mjartan
doc. MUDr. Jan Bouček
Ph.D. RNDr. Čestmír Štuka Ph.D.
Adéla Horáková
Matěj Hnilica
Andrea Louise Arnold

4. Disciplinární komise
Akademičtí pracovníci:
prof. MUDr. Otomar Kittnar, CSc. – předseda
prof. MUDr. Ondřej Slanař, Ph.D.
prof. MUDr. Pavel Dundr, Ph.D.
prof. MUDr. Jan Malík, CSc. - náhradník
prof. PhDr. Michal Miovský, Ph.D. - náhradník

studenti:
Jan Gara
Matěj Škandera
Andrea Rashovska
František Průša - náhradník
Viktorie Malovcová - náhradník

MUDr. Lenka Fialová, CSc.
doc. MUDr. Hana Hubálková, Ph.D.
PhDr. Alena Malečková
prof. MUDr. František Perlík, DrSc.
prof. MUDr. Ctibor Povýšil, DrSc.
PhDr. Hana Skálová
prof. MUDr. Karel Smetana, DrSc.
doc. MUDr. Jan Šváb, CSc.

6. Komise pro práci s pokusnými zvířaty
Mgr. Viktor Sýkora – předseda
Ing. Jana Bortelová
MVDr. Alena Černá
doc. Dr. Ing. Karel Holada
MUDr. Nikolina Kutinová Canová
prof. MUDr. Emanuel Nečas, DrSc.
RNDr. Petr Szabo, Ph.D.

7. Likvidační komise
Ing. Petr Bečvář – předseda
prof. MUDr. Otomar Kittnar, CSc., MBA
RNDr. Čestmír Štuka, MBA
Jana Pavlová

8. Náhradová komise
Mgr. Eva Podrazilová Jenčíková – předsedkyně
Bc. Aleš Filipi
Hana Slavíková
doc. MUDr. Dana Marešová, CSc.
prof. Dr. Ing. Tomáš Navrátil, Ph.D.

9. Ústřední inventarizační komise - jmenována od 1. 11. 2021
Mgr. Viktor Sýkora - předseda
prof. MUDr. Stanislav Štípek, DrSc.
Ing. Roman Karaš

10. Patentová komise
doc. Ing. Karel Hána, Ph.D. – předseda
Mgr. Eva Adlerová, Ph.D.
prof. MUDr. Karel Smetana, DrSc.
doc. MUDr. Petra Lišková, MD, Ph.D.

11. Komise pro e-learning
MUDr. Martin Vejražka, Ph.D. – předseda
RNDr. Čestmír Štuka, MBA
prof. MUDr. Stanislav Štípek, DrSc.

12. Etická rada
prof. MUDr. Jiří Raboch, DrSc. – předseda
prof. MUDr. Otomar Kittnar, CSc.
prof. MUDr. Jana Dušková, DrSc.
MUDr. Simona Arientová, Ph.D.
MUDr. MgA. Kateřina Rusinová, Ph.D.

Stanoviska Etické rady