Do náplně práce oddělení patří zajištění mzdových záležitostí zaměstnanců děkanátu, ústavů a klinik 1. LF UK spojených se vznikem, změnami a zánikem pracovního poměru či dohod o pracích konaných mimo pracovní poměr podle platných pracovně - právních a mzdových předpisů. 
Mezi činnosti mzdové účtárny patří např.:

- zpracování evidence pracovní doby

- zpracování mezd zaměstnanců včetně výpočtu a odvodu sociálního pojištění, zdravotního pojištění a daně z příjmů

- evidence a zpracování dokladů pro nemocenské pojištění, výpočet a výplata náhrady mzdy zaměstnancům, kteří jsou v dočasné pracovní neschopnosti

- zpracování měsíční mzdové uzávěrky

- plnění ohlašovací povinnosti vůči zdravotním pojišťovnám

- odesílání podkladů České správě sociálního zabezpečení pro výpočet dávek nemocenského, ošetřovného, peněžité pomoci v mateřství apod.

- evidence dokladů pro důchodové pojištění včetně zpracování evidenčních listů důchodového pojištění a jejich odesílání na Českou správu sociálního zabezpečení

- zpracování a evidence podkladů pro poskytnutí příspěvku zaměstnavatele na penzijní připojištění či na životní pojištění

- evidence a aktualizace bankovních účtů zaměstnanců pro odesílání výplaty mezd bankovním převodem

- zpracování ročního zúčtování daní z příjmů

- vydávání potvrzení zaměstnancům o dosaženém příjmu pro banky, pro Úřad práce apod.