1. lékařská fakulta Univerzity Karlovy Univerzita Karlova
Zajímá vás, co se děje na fakultě? Přihlaste se k odběru bulletinu Jednička.

Pomůžeme vám

Potřebujete pomoc nebo informace a nevíte přesně na koho se obrátit?

Kontaktujte nás

MODERNIZACE A ROZŠÍŘENÍ PŘÍSTROJOVÉHO VYBAVENÍ NÁRODNÍHO CENTRA LÉKAŘSKÉ GENOMIKY

Registrační číslo: CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015515

Zkrácený název: NCLG II.

Projekt je realizován z Operačního programu Výzkum, vývoj a vzdělávání, výzvy č. 02_18_046 pro Výzkumné infrastruktury II v prioritní ose 1 OP.

Realizace projektu: 1. 1. 2020 až 31. 12. 2021

Řešitel projektu: prof. Ing. Stanislav Kmoch, CSc.

Popis projektu: Účelem NCLG je zabezpečit provoz nejmodernějších sekvenačních platforem a návazných technologických zařízení pro analýzu lidského genomu a umožnit kvalifikované využívání těchto technologií v biomedicínském výzkumu a translační medicíně v ČR. Lokalizace a současně částečně odlišné specializace jednotlivých laboratoří jsou zárukou územního i oborového rozvoje a využití genomiky v ČR v souladu se světovými trendy.

Předmětem projektu je rozšíření a modernizace stávajícího přístrojového vybavení NCLG. V rámci předešlé výzvy č. 02_16_013 z OP VVV došlo k přístrojovému vybavení jednotlivých partnerů a především došlo k pořízení nového sekvenátoru NovaSeq 6000. Tento přístroj využívá sekvenační metody nové generace a umožňuje zpracování velkého množství vzorků za nižší provozní cenu. K přípravě měřených vzorků a především ke správné archivaci získaných výsledků je potřebné posílení i ostatního přístrojového vybavení, jako jsou robotické systémy pro přípravu vzorků, kapilární sekvenátor DNA, NSG sekvenátor a datová úložiště a výpočetní servery.

Řada přístrojů aktuálně používaných na pracovišti je využívána několik let a v době plánované realizace projektu budou technologicky zastarané a řada těchto přístrojů neumožňuje práci s výsledky získanými pomocí sekvenační metody nové generace.

Hlavním cílem předkládaného projektu je udržení funkčního systému vzájemné spolupráce a efektivního využití jak stávajících technologií, tak i modernizovaného přístrojového vybavení v ČR a jejich zapojení do mezinárodních aktivit v oblasti genomiky, za využití databáze genomické variability české populace.

Cíle projektu: Cílem navrhovaného projektu je rozšíření a modernizace stávajícího přístrojového vybavení NCLG. Přístroje pořízené v rámci projektu rozšíří sekvenační kapacity NCLG (NGS Systém Přístroj, Plzeň; přístroj pro automatizovanou přípravu sekvenačních knihoven, Brno), zvýší kapacity v analýze dat a datových skladů (Praha, Olomouc) a nahradí některé morálně zastaralé přístroje (kapilární sekvenátor DNA, Praha) a laboratorní přístroje nutné k přípravě a skladování sekvenačních knihoven (PCR, chlazená centrifuga, mrazák, Praha).

Koncept modernizace NCLG vychází z jeho vnitřní struktury, kdy jednotlivé uzly poskytují podporu místním výzkumným skupinám a partnerům. Jednotlivé uzly buď již mají (Olomouc) nebo vytvářejí podmínky pro přípravu vzorků (robotický systém pro přípravu vzorků v Brně), které budou následně analyzovány na centrálním sekvenátoru NovaSeq v Praze. Získané výsledky budou poskytovány zpět jednotlivým uzlům a uživatelům (nutnost posílení výpočetních kapacit partnerů), kteří je budou následně příslušnými technikami analyzovat a příslušně validovat (kapilární sekvenátor DNA, 2.LFUK a NGS sekvenátor, LF UK Plzeň).

Změny v důsledku projektu: V důsledku realizace projektu je očekáváno několik změn. Primární změna je obnova a modernizace přístrojového vybavení existující přístrojové infrastruktury Národního centra lékařské genomiky. Obnovou a modernizací přístrojového vybavení bude umožněno dosahování vědeckých výstupů na světově špičkové úrovni v rámci studia lidského genofondu.

Dalším cílem je rozšíření databáze genomických variant a pokračování ve vědeckovýzkumné činnosti v rámci analýzy lidského genomu. Modernizovaná infrastruktura atrahuje další vědecké pracovníky jak z řad studentů, tak z řad zahraničních vědeckých kapacit a umožní navázání mezinárodní spolupráce v dané oblasti.

Na základě vědeckovýzkumné činnosti celého týmu NCLG očekáváme pochopení některých mechanismů u vzácných geneticky podmíněných onemocnění a přenos nejnovějších poznatků do klinické a diagnostické praxe.

Hlavním cílem struktury NCLG je vývoj v oblasti pochopení lidských geneticky podmíněných onemocnění a nalezení způsobu jejich léčby.

Kontakt: Ing. Vojtěch Malina, e-mail: vojtech.malina@lf1.cuni.cz

Odkaz na stránky NCLG zde.
Dedikace projektu / Acknowledgments:
Projekt „Modernizace a rozšíření přístrojového vybavení Národního centra lékařské genomiky“ (reg. č. CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015515) je podpořen z Operačního programu Výzkum, vývoj a vzdělávání.
The project "Modernization and instrumental upgrade of the National Center for Medical Genomics" (reg. No. CZ.02.1.01/0.0/0.0/18_046/0015515) is supported by the Operational Programme Research, Development and Education.

Hodnocení: spravovat