Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie

Studijní program si klade za cíl studentům poskytnout především pokročilé teoretické i praktické znalosti v oblastech molekulární a buněčné biologie, genetiky a virologie, seznámit je s moderními metodickými i technickými přístupy využívanými v daných oborech a s možnostmi jejich uplatnění při řešení aktuálních problémů v biologických vědách a biomedicíně včetně interdisciplinárních přesahů. Toto zaměření lze charakterizovat jako studium biologických procesů na molekulární a buněčné úrovni, zvláště komplexních interakcí mezi buňkami a prostředím a mezi informačními biologickými makromolekulami (DNA, RNA, proteiny), a to za použití nejmodernějších molekulárně biologických a bioinformatických přístupů a technik.

Doktorandi musí absolvovat alespoň jeden odborný předmět/kurz z nabídky PřF UK nebo LF UK (včetně předmětů zajišťovaných spolupracujícími institucemi) s vazbou k tématu doktorské disertační práce a v závislosti na svých odborných potřebách (výběr po dohodě se školitelem). Je samozřejmě možné si zapsat a absolvovat odborných předmětů/kurzů více, podle potřeby a zájmu doktoranda a doporučení školitele. Musí se však jednat o skutečně odborný předmět/kurz (tzv. soft-skills předměty/kurzy nejsou v tomto případě jako požadovaná studijní povinnost akceptovány, i když si je doktorand samozřejmě může také zapsat a absolvovat, uzná-li za vhodné).

Další studijní povinnosti mohou být případně stanoveny vnitřními předpisy fakulty a jejich splnění může být pro doktorandy příslušné fakulty závazné, pokud je tak v těchto předpisech explicitně uvedeno (např. zkouška z anglického jazyka).

Orientační seznam doporučených/vhodných předmětů pro doktorandy MBBGV je možné nalézt zde.

Účast na konferencích

Oborová rada vyžaduje, aby se doktorandi aktivně (tj. formou vlastní přednášky či plakátového sdělení) účastnili odborných národních a zejména mezinárodních konferencí, na nichž získají důležité a velmi užitečné zkušenosti pro další vědecko-výzkumnou činnost. Taková aktivní účast alespoň na jedné národní/mezinárodní konferenci během doktorského studia je povinnou součástí ISP a doktorand ji musí prokázat (doložením kopie potvrzení o aktivní účasti na konferenci + abstraktu formou přílohy vložené do SIS při příslušném výročním hodnocení ISP). Doktorandi by se také měli účastnit různých typů pravidelných doktorandských konferencí pořádaných školícím pracovištěm; účast na konferenci tohoto typu může být další součástí individuálního studijního plánu, pokud to vyžadují předpisy fakulty/školícího pracoviště. Tyto „interní“ konference se však jako splnění výše uvedené povinnosti nezapočítávají.

Rozprava k tématu disertační práce

Doktorandi studující v prezenční formě studia se musí ke splnění tohoto předmětu přihlásit tak, aby rozprava proběhla buď během druhého ročníku, nebo (v odůvodněných případech) v zimním semestru třetího ročníku jejich studia. Doktorandi studující v kombinované formě studia mohou navíc předmět splnit i v letním semestru třetího ročníku studia. V každém akademickém roce bude možné rozpravu vykonat pouze během jednoho z těchto tří období: leden/únor, červen a září. Konkrétní čas a místo konání rozpravy budou doktorandům s dostatečným předstihem před příslušným obdobím oznámeny.

Plnění předmětu bude probíhat formou prezentace doktorandů o dizertačním projektu a následné diskuze s komisí. Doktorandi si za tímto účelem musí připravit ppt nebo pdf prezentaci obsahující zejména cíle projektu a důvod jeho řešení, stručně zmíněné metodické přístupy a hlavní dosažené výsledky, výhledy do budoucna, stávající stav publikační aktivity, atp., kterou přednesou před komisí. Délka tohoto představení současného stavu práce na doktorském projektu by měla být 15, maximálně 20 minut. Prezentace i ústní vystoupení doktorandů musí být v angličtině, následná diskuze mezi doktorandy a komisí bude rovněž probíhat v angličtině.

Po skončení prezentace doktorandi musí v následující interakci s komisí prokázat především detailní a aktuální znalosti a orientaci ve věcech přímo souvisejících s problematikou jejich doktorského projektu, včetně přesahových témat a znalostí principů, možností a omezení metodických přístupů, které s jejich výzkumem souvisí. Očekává se, že doktorandi v průběhu rozpravy jednoznačně potvrdí schopnost postihnout podstatu problému, dokáží jej zařadit do širších souvislostí a zejména prokáží schopnost kritického a tvůrčího uvažování. Komise zároveň během této rozpravy doktorandům poskytne zpětnou vazbu k projektu, přičemž souhrn příslušných otázek, připomínek, doporučení a námětů, které z rozpravy vyplynou, bude posléze doktorandům a jejich školitelům zaslán i v písemné podobě (elektronickou poštou). Je nicméně velmi doporučeno, aby se buď školitel, nebo jiný zástupce školitelského pracoviště, obhajoby přímo osobně účastnil.

V případě významných výhrad k průběhu práce na projektu, či zjištění závažných neznalostí doktorandů na základě této rozpravy, si oborová rada vyhrazuje právo vyžádat její zopakování v definovaném časovém horizontu.

Zapojení do mezinárodní spolupráce, grantové činnosti

Doktorandi by měli v průběhu studia absolvovat odbornou stáž v zahraničí (celková délka alespoň 1 měsíc). O jejím zařazení do individuálního studijního plánu rozhoduje především školitel a její realizace závisí na možnostech daného školícího pracoviště. Pokud stáž nelze zajistit, doktorandi se zapojují do mezinárodní spolupráce jiným způsobem v souladu se standardy studijních programů na UK.

Doporučeno je rovněž aktivní zapojení doktorandů do přípravy grantových projektů školícího pracoviště. Velmi doporučena je rovněž snaha o přípravu a podání vlastního projektu doktoranda v rámci každoročních grantových soutěží Univerzity Karlovy (GAUK).

Tvůrčí a publikační činnost

Hlavním požadavkem na tvůrčí činnost je samostatné provedení vlastní, originální a kvalitní vědecké práce, jejímž výstupem by měla být alespoň jedna původní vědecká publikace týkající se tématu dizertační práce a publikovaná nebo přijatá k publikaci v průběhu doktorského studia. Tento výstup musí být publikován v některém z časopisů s recenzním řízením indexovaném v databázích obecně uznávaných mezinárodní vědeckou komunitou (Web of Science, tzv. impaktované časopisy). Mělo by se přitom jednat o publikační výstup typu „původní článek“ a doktorand musí být jeho prvním autorem a musí mít na jeho vzniku významný podíl (konkretizovaný jak přímo v publikaci, pokud to příslušný časopis umožňuje, tak v dizertační práci, viz dále). U dosud nezveřejněných publikací je třeba doložit potvrzení, že rukopis byl odborným časopisem již přijat ke zveřejnění. Sdílené prvoautorství je možné uznat jako prvoautorství, je však nejprve třeba souhlasu garantky programu a není žádoucí, aby stejná publikace se sdíleným prvoautorstvím byla hlavním podkladem více různých dizertačních prací.

Případové studie na jednotkách pacientů (Case reports, kazuistiky) jsou přijatelné jako prvoautorský článek pouze v případech, že mají zásadní vědecký přínos (jde např. o popis nového genu v patogenezi onemocnění, nový biologický mechanismus objasňující funkci genu, nový způsob léčby či způsob diagnostiky. V tomto případě by součástí takové publikace měly být funkční experimenty. Nelze akceptovat Case report s pouhým klinickým popisem příznaků a fenotypu pacienta.

Pokud prvoautorská publikace nebude ještě časopisem definitivně přijata, ale bude se nacházet ve stádiu recenzního řízení (a půjde o skutečně kvalitní časopis), doktorandi mohou požádat oborovou radu o výjimku ze splnění výše uvedených publikačních požadavků. Totéž platí pro případy, pokud jde o prvoautorskou publikaci jiného typu než „původní článek“, založenou na experimentální práci doktorandů v rámci doktorského projektu (nikoli tedy např. v případech přehledového článku nebo kapitoly v knize, ty jako prvoautorská publikace a splůnění publikačních požadavků akceptovány nejsou. Stejně tak nejsou akceptovány videopublikace, pokud je zároveň nedoprovází plnohodnotný text). Školitel musí s touto žádostí souhlasit a žádost musí být podána nejméně měsíc před tím, než by mělo dojít k případnému odevzdání dizertační práce k obhajobě. Bližší informace ohledně náležitostí příslušné žádosti a požadované podoby dizertační práce v takových případech podá doktorandům garantka programu, které doktorandi poté žádost zašlou elektronickou poštou. Oborová rada žádost projedná a může, ale nemusí doktorandům vyhovět. Předpokládá se, že půjde o skutečně výjimečné, odůvodněné situace. V případě, že oborová rada žádosti nevyhoví, doktorandi musí s odevzdáním dizertační práce k obhajobě vyčkat do doby, než dojde k přijetí publikace.

Účelem požadavku oborové rady na prvoautorskou publikaci je především to, aby se 1) doktorandi naučili takový článek na základě výsledků svých experimentů samostatně připravit a 2) zároveň se seznámili s procesy spojenými s jeho publikací v odborném časopise uznávaném mezinárodní vědeckou komunitou. Očekává se tudíž, že doktorandi (v konzultacích se svým školitelem, případně i dalšími členy školitelského pracoviště) sepíší první „draft“ publikace (zejména Introduction, Discussion a ty části Material and Methods a Results, které přímo souvisejí s jeho vlastními experimenty nebo s experimenty, na kterých se významně podíleli, včetně přípravy příslušné obrazové či jiné dokumentace). Tento první „draft“ může před podáním do časopisu projít dalšími úpravami ze strany jak doktorandů, tak jejich školitelů (případně dalších spoluautorů). Úpravy neprovedené přímo doktorandy (zejména pokud jde o úpravy závažnějšího charakteru) by s nimi měly být vždy probrány. Doktorandi nemusí přímo být korespondujícími ani submitujícími autory, rozhodně by se ale měli ve spolupráci se školitelem (či autorem, který článek submituje) zapojit do celého procesu podání článku do vědeckého časopisu a všeho, co souvisí s následným recenzním řízením (reakce na požadavky recenzentů, nové podání atd.) Všechny významnější úpravy článku sloužícího jako podklad dizertační práce, které vzniknou během recenzního řízení, by měli školitelé/submitující autoři s doktorandy rovněž pokud možno probrat.

Kromě požadované prvoautorské publikace doktorandi samozřejmě mohou být spoluautory dalších vědeckých publikací, ať už vycházejících přímo z doktorského projektu, nebo z jiných projektů pracoviště (oborová rada vítá aktivní zapojení doktorandů do různých vědeckých spoluprací). Do dizertační práce však smějí být případně začleňovány (a částečně nahrazovat některé její části, viz níže) pouze publikace přímo související s příslušným doktorským projektem a vzniklé v době doktorského studia.

Odkaz na příslušnou prvoautorskou publikaci, případně seznam dalších publikací, které mají být podkladem dizertační práce, musí doktorandi před podáním práce k obhajobě zaslat e-mailem garantce programu, která touto formou zkontroluje, zda byly požadavky na publikační činnost, stanovené oborovou radou, skutečně splněny.

Disertační práce

Před podáním disertační práce k obhajobě musí doktorandi splnit všechny dosud nesplněné povinnosti uvedené v individuálním studijním plánu, úspěšně absolvovat Rozpravu k tématu disertační práce a mít alespoň jednu prvoautorskou původní vědeckou publikaci týkající se doktorského projektu a vzniklou v průběhu doktorského studia (viz výše).

Disertační práce by měla být původním autorským textem doktorandů, umožňujícím oponentům práce a komisi posoudit jejich předpoklady pro samostatnou vědeckou práci v příslušném oboru. Doktorandi by v práci měli být schopni uceleně postihnout řešený vědecký problém v adekvátní šíři a formulovat samostatné názory a otázky vyplývající ze získaných výsledků svých experimentů.

Kromě částí předepsaných fakultou (titulní strana, prohlášení autora, abstrakty v češtině a angličtině, apod.) a doprovodných oddílů typu obsah, seznam citací, případně i seznam použitých zkratek, musí dizertační práce obsahovat: 1) Teoretický úvod (přehled současného stavu informací dostupných v odborné literatuře o problematice, která je bezprostředním tématem dizertační práce), 2) jasně definované Cíle práce; 3) Experimentální část (popis výchozích hypotéz a experimentů, kterými byly tyto hypotézy testovány, tj. celková koncepce experimentů, materiál, metodické přístupy a získané výsledky včetně příslušné obrazové či tabulkové dokumentace); 4) Diskusi; 5) Shrnutí/závěry. Tyto části mohou být nazvány a dále rozčleněny vhodným způsobem podle charakteru doktorského projektu a v souladu s vnitřními předpisy fakulty. Určité modality v členění práce (např. spojení Experimentální části a Diskuse v případě bioinformatických prací) se připouštějí, musí však být předem konzultovány s garantkou programu.

Disertační práce může být napsána klasickou monografickou formou nebo mohou být do Experimentální části práce začleněny (a částečně tudíž nahrazovat část výsledků a materiálu/metod) původní vědecké publikace doktorandů, které se týkají tématu doktorského projektu, vznikly v průběhu doktorského studia a v době odevzdání dizertační práce jsou již publikované, přijaté k zveřejnění nebo přijaté k recenznímu řízení v IF časopise (v posledních dvou případech s doložením, že publikace byla přijata nebo je v průběhu recenzního řízení). Začleněny by však měly být pouze takové publikace, na jejichž vzniku měli doktorandi skutečně významný podíl. U každé takto začleněné publikace musí doktorandi stručně (1-2 strany) shrnout podstatu výsledků a závěrů v publikaci prezentovaných a uvést, jak daná publikace souvisí s hlavní náplní doktorského projektu. Toto shrnutí musí rovněž obsahovat jednoznačné a podrobné slovní určení podílu doktorandů na získání příslušných výsledků a přípravě rukopisu pro danou publikaci.

V případě, že začleněných publikací je více, musejí na sebe logicky navazovat a být navíc propojeny původním autorským textem, vysvětlujícím vhodným způsobem jejich vzájemnou provázanost a zasazení do kontextu celého doktorského projektu. V žádném případě nelze pouze uvést a začlenit publikace bez takového vysvětlujícího či spojujícího autorského textu! Rovněž je nežádoucí, aby začleněné publikace spolu souvisely jen okrajově a dizertační práce tak měla celkově nesourodý charakter!

Všechny dosud nepublikované experimenty doktoranda, relevantní k řešenému vědeckému problému, a jejich výsledky by měly být v experimentální části popsány plně.

Pokud se doktorandi rozhodnou své publikace do dizertační práce začlenit, musí k začlenění dojít buď přímo v rámci vlastního textu dizertační práce, nebo formou odkazů na přílohy k práci (přičemž přílohou bude celá příslušná publikace). Není možné do práce uvést jen odkazy na příslušné webové stránky, kde lze publikace najít! Doktorandi zároveň zodpovídají za to, že publikace (nebo rukopisy publikací) jsou v práci prezentovány ve formě, která je v souladu s licenčními podmínkami příslušného vydavatele / časopisu, v němž se rukopis nachází v recenzním řízení.

Případné začlenění publikací do disertační práce v žádném případě nemůže nahradit Teoretický úvod ani celkovou Diskusi získaných výsledků. Text v těchto částech dizertační práce nesmí být přímo kopírován (nebo přeložen) z publikací doktorandů ani z jiných publikovaných textů, musí jít o vlastní autorský text a v případě Diskuse se nesmí jednat ani o pouhé shrnutí výsledků, ale o skutečně plnohodnotnou diskusi daného tématu v adekvátně širokém kontextu. Doktorand musí v této části dizertační práce uvést vlastní možná vysvětlení pozorovaných skutečností a diskutovat své výsledky s relevantními publikacemi týkajícími se příslušného problému a obsahujícími jak podporující, tak případně protichůdné výsledky.

Práce může být předložena v češtině, slovenštině nebo angličtině (doporučuje se zejména angličtina).

Oborová rada nevyžaduje vypracování a odevzdání autoreferátu, není-li tak přímo stanoveno vnitřním předpisem fakulty.

Další informace týkající se studia DSP Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie jsou k dispozici zde.