Po gymnáziu Botičská nastoupil doc. Naňka ke studiu na 1. LF UK a v roce 1997 zde odpromoval. V roce 2005 dokončil v Anatomickém ústavu 1. LF UK postgraduální studium v biomedicíně v oblasti biologie a patologie buňky, tématem jeho práce byl Význam hypoxie pro vývoj embryonálního krevního řečiště.

Jeho profesní život ale ovlivnila ještě dvě další pracoviště, Fyziologický ústav Akademie věd ČR, kde připravil svou diplomovou práci, a Klinika dětské chirurgie a traumatologie 3. LF UK a Thomayerovy nemocnice, kde doposud také pracuje jako lékař.

Doc. Naňka se ve své odborné práci zaměřuje na embryonální vývoj cévního řečiště a srdce a vliv hypoxie na tento vývoj. Ve spolupráci s klinickými pracovišti se věnuje aplikované anatomii pohybového aparátu, pánevního dna a příštítných žláz a spolupracuje s nimi také na optimalizaci operačních přístupů.

Od roku 2010 je členem výboru České anatomické společnosti, kterou od roku 2014 vede jako její předseda. Je také členem American Association of Anatomists a North American Vascular Biology Organization, členem oborové rady postgraduálního studia Dějiny lékařství a školitelem oborové rady postgraduálního studia Experimentální chirurgie.
Za svou práci získal řadu českých i zahraničních ocenění. 

Byl členem kolektivu oceněného Cenou ministra zdravotnictví za řešení projektu Ortotopická náhrada močového měchýře u ženy, Cenou České urologické společnosti VČLS JEP za nejlepší původní zahraniční práce publikované v letech 2008 a 2009. Získal ale také řadu zahraničních cen, například jednu z cen udělenou American Association of Anatomists (AAA) za nejlepší prezentaci na jejím sjezdu v roce 2003 a Moorovu cenu AAA za nejlepší publikaci v časopisech AAA v roce 2007.

Je autorem a spoluautorem více než čtyř desítek původních prací v oboru klinické anatomie, embryologie a molekulární biologie. Rád fotografuje květiny a přírodu při letní i zimní turistice, zajímá se o dějiny českých zemí, včetně architektury a výtvarného umění.