Studijní oddělení zajišťuje veškerou agendu spojenou se studiem na 1. LF UK pro bakalářské, magisterské a navazující magisterské studijní programy v českém jazyce. 

Agendu cizojazyčných programů pro samoplátce (General Medicine, Dentistry) zajištuje samostatné zahraniční oddělení 

Studijní oddělení ve vztahu k uchazečům, studentům a absolventům:

• komunikuje s uchazeči o studium v českém jazyce
• administrativně zajišťuje přijímací řízení a odvolací řízení ve vztahu k právním předpisům (organizaci přijímacích zkoušek a zpracování výsledků)
• zajišťuje zápisy do studia (přijatých uchazečů a stávajících studentů do vyšších ročníků)
• zajišťuje sportovní soustředění pro 1.ročníky
• organizuje imatrikulace
• zajišťuje veškerou administrativu spojenou s průběhem studia ve vztahu k právním předpisům
• spolupracuje se státními úřady, cizineckou policií, Všeobecnou zdravotní pojišťovnou atd.
• vede matriku a zpracovává veškeré statistické údaje o studiu, připravuje podklady pro výroční zprávu fakulty týkající se pregraduálního studia
• vydává potvrzení a výpisy ze studijní evidence studentům a absolventům 
• je kontaktním místem pro studenty se specifickými potřebami
• organizuje promoce
• spolupracuje při přípravě studijních plánů a podílí se na tvorbě rozvrhů pro daný akademický rok a jejich zveřejnění v elektronické databázi

• koordinuje přípravu akreditací stávajících a nových studijních programů ve spolupráci s garanty a vedením fakulty
• komunikuje a řeší aktuální situace s fakultními instituty (ústavy, klinikami, učiteli apod.)
• zpracovává nostrifikace vysokoškolských diplomů a žádosti o nostrifikace související s přijímacím řízením
• aktualizuje informace týkající se agendy studijního oddělení na webových stránkách
• spolupracuje s domácími a zahraničními partnerskými institucemi