Vrcholným představitelem a reprezentantem 1. LF UK je děkan. Děkan řídí fakultu a odpovídá za její činnost rektorovi Univerzity Karlovy v Praze. V jednotlivých oblastech činnosti fakulty jej zastupují proděkani. Společně se zástupci dalších součástí vedení tvoří proděkani poradní a iniciativní sbor – kolegium děkana.

Výkonným útvarem, který po hospodářské a administrativní stránce zajišťuje chod fakulty, je děkanát. Jeho oddělení zajišťují např. administrativní organizaci studia, ekonomickou agendu, technickou správu budov a zařízení atd. Chod děkanátu ve spolupráci s příslušnými proděkany řídí tajemník, který odpovídá za vnitřní správu a hospodaření fakulty. Tajemník je podřízen děkanovi a je jím jmenován.

Významnou rozhodovací pravomoc mají dva samosprávné orgány fakulty – akademický senát a vědecká rada. Akademický senát je zastupitelským sborem akademické obce; může podstatnou měrou zasahovat do chodu fakulty a ovlivňuje její koncepci a rozvoj. Akademickému senátu předkládá děkan ke schválení návrhy vnitřních předpisů, rozpočet, dlouhodobý záměr a další významné dokumenty.

Akademický senát také schvaluje složení vědecké rady, samosprávného orgánu jmenovaného děkanem. Členy vědecké rady jsou významní odborníci z fakulty, ale i z mimofakultních pracovišť. Vědecká rada schvaluje studijní programy, projednává dlouhodobé záměry fakulty, podílí se na řízení ke jmenování nových profesorů a habilitaci docentů a obecně se vyjadřuje k otázkám, které souvisejí s odbornou a vědeckou úrovní výuky a výzkumu na fakultě.
Pro vybrané úkoly jsou ustaveny odborné komise a neformální pracovní skupiny. Většinu z těchto poradních uskupení jmenuje děkan, některé komise také zřizuje akademický senát, vědecká rada, nebo vznikají ve spolupráci těchto orgánů. Formálně větší pravomoc mají komise akademického senátu.