Ústav dědičných metabolických poruch 1.F UK a VFN nabízí pro zájemce z 1.LF a VFN konzultace v plánování, provedení, statistickém vyhodnocení a biologické interpretaci experimentálních dat získaných pomocí DNA čipů.

Podporované platformy

·         Affymetrix (expresní, exonové i genotypovací čipy)

·         Illumina (expresní čipy, genotypovací čipy)

·         Agilent (expresní a CGH čipy)

·         Vlastní (custom) oligonukleotidové čipy (genová exprese)

Přehled nabízených služeb

·         Analýza genové exprese

- návrh experimentu (výběr vhodné platformy, design experimentu – určení vhodného počtu replikátů a postupu při zpracování vzorků)

- kontrola kvality získaných dat

- normalizace dat

- shluková analýza (clustering)

- analýza hlavních komponent (PCA)

- statistická analýza ( t-test,ANOVA,SAM,lineární modely)

- funkční anotace (GeneOntology, metabolické dráhy)

·         Celogenomové SNP genotypování

- vazebná analýza

- homozygotní mapování

- asociační studiea

- CN analýza (detekce delecí a duplikací)

- LOH analýzy (detekce oblastí se ztrátou heterozygocie)

·         Komparativní genomová hybridizace (CGH)

- analýza počtu kopií    

V Praze dne 10.dubna 2009                                                                 Ing.Stanislav Kmoch, CSc.

       Mgr.Viktor Stránecký

Kontakt:

Viktor Stránecký

Email: vstra(zavinac)lf1.cuni.cz

Tel:   +420224967668