Mezi všemi lékařskými fakultami má 1. LF UK největší počet habilitačních a jmenovacích řízení. Fakulta dlouhodobě dodržuje přísná kritéria pedagogické praxe, nejvyšší odbornosti (u klinických oborů) a výsledků vědecké práce, mezi která patří počet publikací v impaktovaných i neimpaktovaných periodicích, citační ohlas a výchova postgraduálních studentů. Dlouhodobé dodržování náročných kritérií posiluje prestiž na naší fakultě dosažených habilitací docentů i jmenovacích řízení profesorů. Podrobné informace o podmínkách zahájení habilitačního a jmenovacího jsou uvedeny zde. 

Fakulta má akreditaci pro habilitační i jmenovací řízení u největšího počtu teoretických, preklinických a klinických oborů ze všech lékařských fakult. V posledních 5 letech bylo na 1. LF UK průměrně každoročně zahájeno 15 habilitačních řízení a 10 řízení ke jmenování profesorem, přičemž 20 % se uskutečnilo na žádost těch fakult, které pro tato řízení neměly akreditaci. Od 1. ledna 2017 byla do habilitačních a jmenovacích řízení implementována novela zákona o VŠ, která nově zavedla možnost stanovení poplatku za úkony spojené s těmito řízeními, nově upravila možnost řízení o vyslovení neplatnosti jmenování docentem (§ 74a a násl.) a nově upravila povinnost zveřejňovat habilitační práce obdobně jako závěrečné práce (§ 75 odst. 4). Habilitační práce obhájené na 1. LF UK jsou zveřejňovány v repozitáři UK. Rovněž byla stanovena povinnost ukončení habilitačního a jmenovacího řízení do 1 roku od zahájení, resp. od schválení složení habilitační a hodnotící komise Vědeckou radou 1. LF UK.